Se distribuye desde el paralelo 8°S hasta el paralelo de 20°S, con poblaciones en el Perú, el norte de Chile, y zonas próximas en el altiplano de Bolivia. Este taxón ya era cazado por las distintas etnias de amerindios, buscando su carne, cuero y lana. Luego de la colonización española su cacería pasó a ser descontrolada, además se sumó el hecho de sufrir un fuerte deterioro de su hábitat, por lo que sus poblaciones pasaron a ser pequeñas, con una disminución progresiva de sus números. Su distribución original se ha fragmentado en varios reductos pequeños, relativamente aislados. La caza, la exploración y explotación minera, el desarrollo de infraestructura, y la pérdida de hábitat, a menudo imponen barreras a los traslados de las manadas remanentes, por lo que se impide el intercambio de individuos entre las distintas poblaciones. Esta pérdida de conectividad entre poblaciones ya muy pequeñas y aisladas, les imprime un creciente riesgo de colapso debido a la pérdida de la indispensable variación genética, lo que puede dar lugar a problemas en la reproducción o a malformaciones congénitas. La población total de esta subespecie es de 4000 ejemplares, por lo que en el año 2006 la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) lo clasificó como «en peligro».
La principal característica que diferencia a L. g. cacsilensis es el tener un cráneo de tamaño más pequeño, difiriendo también en las proporciones craneales. Lönnberg, al describirlo, señaló dimensiones del cráneo de 261 mm de largo por 128 mm de ancho, con un área pre-orbital que equivale al 33 % de la longitud total de cráneo, aunque otro autor indicí que ese porcentaje es del 48 %.3 Igualmente ambas medidas están por debajo de los porcentajes que presentan los cráneos de la Patagonia los que corresponden a la otra subespecie: L. g. guanicoe, y que varían entre el 49 y el 53 %. Si bien al describirlo Lönnberg encontró a los guanacos peruanos similares en coloración a los patagónicos, Wheeler describe su color como marrón claro con tinte ocre-amarillo.
Bolivia Estaría reducido a su mínima expresión, con registros modernos sólo en el departamento de Oruro, (alrededores de Turco y Picotani, cerro Wila Kkollu). Chile Si bien este taxón está protegido a nivel nacional por la Ley de Caza, Criaderos y Uso in situ, el personal para la aplicación de dicha ley es insuficiente, por lo que esta subespecie está amenazada en el país. Ecuador No hay registros claros de que este taxón alcanzase en su distribución septentrional a Ecuador, pero se han reportado para ese país posibles descendientes híbridos entre guanacos y llamas. Perú Es un taxón seriamente amenazado de extinción, pese a lo cual se le caza por «deporte». Se ha estimado que se extinguirán en el Perú dentro de 30 años si los niveles de caza no se reducen. En ese país su distribución sufrió una retracción del 75 %; antiguamente su geonemia se extendía también por los desiertos costeros. Hoy goza de protección en varias reservas naturales altoandinas, como por ejemplo en Salinas y Aguada Blanca. Legalmente, el taxón está clasificado desde el año 2004 como «en peligro» a nivel nacional. La gestión de sus poblaciones remanentes en ese país es tarea del CONACS (Consejo Nacional de Camélidos Sudamericanos), junto a las comunidades locales. Un Censo Nacional de guanacos (CONACS) en el año 1996 señaló que sobrevivían en el Perú un total de 3810 guanacos. La distribución más septentrional en este país para este taxón (también para toda la especie) ocurre aproximadamente a la latitud 8°30'S, en la reserva nacional de Calipuy, Santiago de Chuco, departamento de La Libertad —con 538 ejemplares—. Hacia el sur, se presentan poblaciones hasta la latitud 16°10'S, en la reserva nacional Salinas Aguada Blanca, en Arequipa, departamento de Moquegua. Una población aislada habita en la zona del nevado Salcantay, en el distrito de Anta. En el Perú habita generalmente en ambientes de estepas serranas, a altitudes comprendidas entre los 1000 y 3800 msnm, aunque puede llegar a vivir hasta casi los 5000 msnm. Antaño efectuaba una migración altitudinal hacia las lomas costeras en la época invernal en que estas reverdecen, pero ya no la realiza pues sus rutas de migración fueron cortadas por el crecimiento de centros poblados y nuevas carreteras. Sólo aún continúa migrando desde la reserva nacional Pampa Galeras-Bárbara d'Achille hacia la costa, y hacia las lomas de Atiquipa, en Arequipa. En este último departamento habitan 1124 ejemplares. Se ha extinguido de amplios territorios en los departamentos de: Áncash, Huánuco, Junín, Lima, y Piura. En Apurímac sólo sobreviven 9 ejemplares, mientras que en Puno 71, en Tacna 95, y en Huancavelica 211 guanacos. Poblaciones importantes sobreviven en áreas puneñas de Ica —con 516 ejemplares—, en el distrito de Chavín del Departamento de Ica, y en Huallhuas, Ayacucho —con 1167 ejemplares—. Una manada de 12 guanacos ha logrado establecerse luego de ser reintroducida en la reserva privada de Chaparrí, en el litoral de Lambayeque.